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Bayesian model and posterior distribution dataset for estimating the distribution of 137Cs concentrations in various wild mushroom species in Japanese municipalities

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dataset
posted on 2023-06-28, 12:23 authored by Masabumi Komatsu

Komatsu_2023JJFS_stan_model.stan

    - Model file for Bayesian analysis with rstan.

    - Hierarchical Bayesian model with the ordinary logarithm of 137Cs concentration in wild mushrooms as the objective variable and the random effects of the mean concentration for species (r_sp), the error in concentration per species (r_sigma) and the concentration effect per municipality (r_mun).

    - Consists of eqs. (1)-(5) in RELATED MATERIALS 1.

post_stan.RData

    - RData file to store the results of the posterior distribution obtained by the hierarchical Bayesian model (post: variables in list format)

        - post$species: species names corresponding to columns in rsp and rsigma

        - post$rsp: random effect of species

        - post$rsigma: standard deviation of individuals by species

        - post$mu_sp: hyper parameter of mean in rsp

        - post$sigma_sp: hyper parameter of standard deviation in rsp

        - post$mu_sigma: hyper parameter of mu in rsigma

        - post$sigma_sigma: hyper parameter of standard deviation in rsigma

        - post$sigma_mun: hyper parameter of standard deviation in rmun

    - Posterior results of random effects of municipality (rmun) is excluded.

Funding

Production of low-cesium mushrooms based on the genes analysis

Japan Society for the Promotion of Science

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History

Corresponding author email address

kopine@ffpri.affrc.go.jp

Title (in Japanese)

野生きのこ各種の市町村内の137Cs濃度分布を推定するベイズモデルおよび事後分布データセット

Description (in Japanese)

## Komatsu_2023JJFS_stan_model.stan - rstanによるベイズ解析を行うためのモデルファイル - 野生きのこの137Cs濃度の常用対数を目的変数とし、種の平均濃度(r_sp)、種ごとの濃度の誤差(r_sigma)、市町村ごとの濃度効果(r_mun)をランダム効果とする階層ベイズモデル - RELATED MATERIALS 1. のeq (1)-(5)からなる ## post_stan.RData - 階層ベイズモデルによって得られた事後分布の結果(post:リスト形式の変数)を格納するRDataファイル - post$species: rsp, rsigmaの列に対応する種名 - post$speciesJ: 種の和名 - post$rsp: 種のランダム効果 - post$rsigma: 種ごとに規定される個体の標準偏差 - post$mu_sp: rspの平均値のハイパーパラメーター - post$sigma_sp: rspの標準誤差のハイパーパラメーター - post$mu_sigma: rsigmaの平均値のハイパーパラメーター - post$sigma_sigma: rsigmaの標準偏差のハイパーパラメーター - post$sigma_mun: rmunの標準偏差のハイパーパラメーター - 市町村のランダム効果(rmun)の事後分布は除外した

Manuscript title (in Japanese)

種間差と採取市町村内のばらつきを考慮した野生きのこの放射性セシウム濃度特性

Authors (in Japanese)

小松雅史

Copyright

© 2023 Masabumi Komatsu

Usage metrics

    日本森林学会誌/Journal of Japanese Forest Society

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